Musim 1 (2011-12) (13 episod)

Musim pertama mempunyai 13 episod dan satu episod akhir khas. Ia disiarkan dari Mac 2011 hingga 1 Januari 2012.

BoBoiBoy menyambut cuti sekolah dengan melawat datuknya, Tok Aba yang berada di Pulau Rintis, di mana dia bergaul dengan kawan-kawan baru yang menjadi sahabat handainya sepanjang siri, iaitu Yaya, Ying dan Gopal. Pada masa yang sama, munculnya makhluk asing jahat yang bernama Adu Du yang merancang untuk merampas kesemua koko di Bumi bersama konco-konconya, Probe dan Komputer. Pada suatu hari, Adu Du mengarahkan Probe pergi mencuri koko dari gerai Tok Aba, apabila BoBoiBoy mengetahui yang satu tin koko telah dicuri, dia mengekori Probe untuk mengambil semula kokonya sehinggalah mereka tiba di kapal angkasa Adu Du.

Sedar tak sedar, BoBoiBoy diekori oleh robot "sfera kuasa" dari kapal angkasa Adu Du yang memperkenalkan dirinya sebagai Ochobot dan memberi BoBoiBoy keupayaan mengawal elemen petir, angin dan tanah, dan berpecah kepada tiga orang dengan elemen masing-masing. Ochobot turut memberikan kuasa super kepada kawan-kawannya. Maka BoBoiBoy dan kawan-kawan menggunakan kuasa-kuasa ini untuk melindungi Pulau Rintis daripada ancaman Adu Du di samping membantu masyarakat setempat apabila ada kesusahan. Penangan Adu Du yang kian getir juga mendorong peningkatan kuasa BoBoiBoy kepada Halilintar, Taufan dan Gempa. Pada kemuncak musim pertama, BoBoiBoy pulang semula ke bandar lamanya untuk menyambung persekolahannya di sana.

Musim 2 (2012-13) (13 episod)

Musim kedua mempunyai 13 episod dan disiarkan dari Mei 2012 hingga Mac 2013.

Enam bulan selepas menumpaskan Adu Du pada penghujung musim pertama dan kembali ke bandar, BoBoiBoy berpindah ke Pulau Rintis dan meneruskan persekolahan di Sekolah Rendah Pulau Rintis. Maka, dia bertemu kembali dengan Yaya, Ying dan Gopal di samping bertemu dengan seorang lawan baru yang bernama Fang yang cemburu akan kuasa dan populariti BoBoiBoy di sekolah. Di samping itu BoBoiBoy juga mahir bertukar langsung kepada bentuk elemen tahap kedua.

Sementara itu, Adu Du sering mencuba pelbagai cara untuk menghapuskan BoBoiBoy yang telah kembali itu, termasuklah bekerjasama dengan Fang buat sementara waktu. Akan tetapi, kesemua cubaannya gagal. Akhirnya, Fang pun menyertai geng BoBoiBoy kerana kuasanya juga dikurniakan oleh Ochobot secara tidak sengaja dalam satu pertembungan dengan Adu Du dan Probe. Musim kedua diakhiri dengan ketibaan Ejo Jo di Bumi yang mengucar-ngacirkan sekolah BoBoiBoy, menyebabkan geng BoBoiBoy berpakat dengan geng Adu Du.

Musim 3 (2014-16) (26 episod)

Musim ketiga mempunyai 26 episod dan disiarkan dari Ogos 2013 hingga Jun 2016.

Setelah bertungkus-lumus menumpaskan Ejo Jo, BoBoiBoy dan kawan-kawannya mula berkawan dengan Adu Du untuk bersama-sama menjaga keselamatan Pulau Rintis daripada ancaman dari dalam dan luar. Namun, persahabatan mereka itu tidak berkekalan apabila datang Ibu Bu, iaitu ibu Adu Du untuk melawat dan melepaskan rindunya terhadap anaknya yang dipanggil "Bubuchuk" sebagai nama timangannya. Apabila mengetahui dia menjadi baik, dia memujuk Adu Du semula dengan habis-habisan supaya kembali kepada kejahatan. Kuasa elemen BoBoiBoy turut berkembang apabila dia boleh bertukar menjadi BoBoiBoy Api yang boleh mengawal elemen api.

Adu Du pula berusaha mencipta sebuah robot yang dinamakannya BoBoiBot yang bukan sahaja menyerupai rupa BoBoiBoy, bahkan juga meniru kuasa-kuasa elemen BoBoiBoy sehingga dia menggantikan BoBoiBoy sebagai seorang wira tempatan di Pulau Rintis. Akhirnya, dengan bantuan Probe yang memberitahu kelemahan BoBoiBot kepada BoBoiBoy dan Ochobot, BoBoiBoy menyahut cabaran penirunya dengan bertukar menjadi BoBoiBoy Air.

BoBoiBoy: The Movie (2016)

Sebuah filem pertama telah dikeluarkan pada 3 Mac 2016 di Malaysia. Ia merupakan kesinambungan kepada siri asal BoBoiBoy dan memperkenalkan watak baru.

BoBoiBoy dan rakan-rakan berusaha mencari dan menyelamatkan Ochobot setelah Ochobot diculik oleh Pasukan Tengkotak ketika di Tok Aba's Kokotiam, yang bertujuan untuk mengesan lokasi Sfera Kuasa purba yang berkuasa iaitu Klamkabot. Pengembaraan BoBoiBoy dan rakan-rakannya amat mencabar apabila mereka menuju ke lokasi Ochobot selepas dia menghubungi BoBoiBoy, sehinggalah BoBoiBoy dan rakan-rakan tiba di Pulau Terapung. Di sanalah BoBoiBoy dan rakan-rakannya bertemu dengan Klamkabot buat kali pertamanya. Pertemuan geng BoBoiBoy dengan Klamkabot juga telah mendedahkan rahsia-rahsia di sebalik misteri tentang sfera kuasa.

BoBoiBoy Galaxy (2016-) (24 episod)

BoBoiBoy Galaxy ialah penjenamaan semula BoBoiBoy, ia merupakan kesinambungan kepada siri asal dan filem BoBoiBoy: The Movie (2016). Musim pertamanya mengandungi 26 episod, dan disiarkan dari November 2016 hingga Jun 2018.

BoBoiBoy bersama rakan-rakannya menyertai sebuah organisasi rahsia bernama TAPOPS yang diketuai oleh Komander Koko Ci untuk melindungi Power-Power Sphera daripada jatuh ke tangan yang salah. Mereka mempunyai banyak tugas dan misi yang perlu diselesaikan, walaupun mereka perlu menghadapi banyak cabaran. Akan tetapi, cabaran yang BoBoiBoy dan rakan-rakannya hadapi itulah yang akan membuka kunci kuasa-kuasa baru mereka semua.[2][3][4] Musim pertama disiarkan dari 25 November 2016 hingga 21 June 2018.

BoBoiBoy Movie 2 (2019)

Sebuah filem kedua dijadualkan dikeluarkan pada 8 Ogos 2019 serentak di Malaysia, Indonesia, Singapura, Brunei, dan Vietnam. Filem ini akan mengikuti cerita selepas musim pertama BoBoiBoy Galaxy.